
Nach dem Tod von Ali Zain al-Abidin entbrannte zwischen Muhammad und seinem jüngeren Bruder Zaid ein Streit um die Nachfolge als Imam. Einige Anhänger Muhammad al-Bāqirs vertraten extrem-schiitische Lehren und gründeten später eigene gnostische Sekten. Zu ihnen gehörten al-Mughīra ibn Saʿīd, der Muhammad al-Bāqir übermenschliche Eigenschaften beilegte und selbst für sich später das Prophetentum in Anspruch nahm, sowie Abū Mansūr al-ʿIdschlī, der Muhammad al-Bāqir als Propheten verehrte und nach dessen Tod behauptete, dass er das Prophetentum von ihm geerbt habe.
Beigesetzt ist Muhammad auf dem al-Baqi'-Friedhof in Medina, Saudi-Arabien. Seine Grabanlage wurde 1926 nach der saudischen Eroberung des Königreichs Hedschas von den Ichwān, fanatischen Anhängern der Wahhabiten, zerstört. Sein Sohn Soltan Ali ebn-e-Mohammad wurde im persischen Dorf Maschhad-e-Ardehal begraben, zu dessen Ehren einmal jährlich die Zeremonie Qalischuyan stattfindet.